Il palazzo, sorto su di un antico convento trecentesco dell'ordine degli Umiliati e successivamente passato ai Gesuiti che vi stabilirono una scuola, conobbe l'assetto attuale, solido e austero, a partire dall'inizio del Seicento ad opera di Francesco Maria Ricchini.
Nel 1773, a seguito dello scioglimento dei Gesuiti, il Collegio di Brera divenne proprietà dello Stato e l'Imperatrice Maria Teresa d'Austria volle farne sede di alcuni dei più avanzati istituti culturali della città: oltre all'Accademia di Belle Arti e all'Istituto Lombardo di Scienze e Lettere, la Biblioteca Nazionale Braidense, l'Osservatorio Astronomico e l'Orto Botanico.
Incaricato della progettazione e prosecuzione dei lavori fu Giuseppe Piermarini, uno dei protagonisti del Neoclassicismo in Italia.
A lui si devono la sistemazione della biblioteca (un salone è visibile dalla sala I della Pinacoteca), il solenne portale di ingresso su via Brera, ed il completamento del cortile, al cui centro fu posta nel 1859 la statua bronzea che raffigura Napoleone in veste di Marte pacificatore, fusa a Roma su modello di Antonio Canova. 
Nel corso di tutto il XIX secolo logge, cortili, atri e corridoi furono destinati ad ospitare monumenti che celebrassero pubblicamente artisti, benefattori, uomini di cultura e di scienza legati all'istituzione braidense. Tra gli esempi migliori di questo ricchissimo e poco conosciuto arredo sono i monumenti a Cesare Beccaria di Pompeo Marchesi ed a Giuseppe Parini di Gaetano Monti, visibili sullo scalone di accesso alla Pinacoteca. 
Recentemente ristrutturato, per il cortile dell'Accademia sono stati usati Keim Soldalit  tinteggiatura minerale a base di puri pigmenti minerali inorganici altamente traspirabile, resistente ai raggi UV ed altamente resistente agli agenti atmosferici con basso grado di ritenzione dello sporco e Keim Granital anch'esso a  base di silicato liquido di potassio e composto da sostanze minerali pure e pigmenti inorganici resistenti alla luce. 
Il Museo al quale si accede attraversando il cortile e salendo le ampie scalinate,  nacque a fianco dell'Accademia di Belle Arti, voluta da Maria Teresa d’Austria nel 1776, con finalità didattiche. Doveva infatti costituire una collezione di opere esemplari, destinate alla formazione degli studenti. 
Quando Milano divenne capitale del Regno Italico la raccolta, per volontà di Napoleone, si trasformò in un museo che intendeva esporre i dipinti più significativi provenienti da tutti i territori conquistati dalle armate francesi. Brera quindi, a differenza di altri grandi musei italiani, come gli Uffizi ad esempio, non nasce dal collezionismo privato dei principi e dell'aristocrazia ma da quello politico e di stato.
 Infatti a partire dai primi anni dell'Ottocento, anche in seguito alla soppressione di molti ordini religiosi, vi confluirono i dipinti requisiti da chiese e conventi lombardi, cui si aggiunsero le opere di identica provenienza sottratte ai vari dipartimenti del Regno Italico. Questa nascita spiega la prevalenza, nelle raccolte, dei dipinti sacri, spesso di grande formato e conferisce al museo una fisionomia particolare, solo in parte attenuata dalle successive acquisizioni
 
 
http://www.brera.beniculturali.it/
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